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Variant Omicron : son génome livre les premières informations

·2 min de lecture

Le variant Omicron cristallise les angoisses d'une épidémie qui n'en finit pas, toujours relancée par l'émergence d'un nouveau candidat au trône du variant majoritaire. Depuis sa classification comme variant préoccupant par l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) le 26 novembre 2021, une centaine de séquences génétiques du variant Omicron a été partagée par la communauté scientifique. Ces séquences sont décortiquées dans tous les sens pour essayer d'anticiper le comportement d'Omicron, sa contagiosité et sa sévérité. Les premières publications scientifiques, issues de ce travail, commencent à paraître. L'équipe en charge des pathogènes et de la biosécurité du Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology a publié un rapport détaillé sur les mutations du variant Omicron et quelques indices sur ses liens de parentés avec les autres variants.

Comment le variant Omicron a-t-il pu muter autant ?

Omicron, roi des mutations

Comparé à la séquence de référence du SARS-CoV-2, le variant Omicron comporte 44 substitutions d'acides aminés, 6 délétions et une insertion. La protéine S rassemble 29 de ces substitutions, 3 délétions et une insertion. La moitié de ces mutations concerne le receptor binding domain (RBD) qui interagit avec le récepteur ACE2. L'analyse des précédents variants suggère que les mutations du RBD modifient significativement le comportement du coronavirus. Plus précisément, neuf acides aminés semblent accroître les liens entre la protéine S et le récepteur ACE2, et donc sa capacité à infecter les cellules. Le variant Omicron est muté sur quatre d'entre eux : K417N, Q493R, N501Y, et Y505H. La mutation N501Y, observée chez d'autres variants, augmente d'un facteur 9 l'affinité de la protéine S pour ACE2. Combinées, ces mutations laissent penser que le variant Omicron est particulièrement transmissible.

Les autres mutations situées en amont ou en aval du RBD pourraient aussi participer au succès épidémiologique du variant Omicron. Des modifications à...

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