Yahoo Finance Une intelligence artificielle prédit la forme des protéines
Le programme informatique AlphaFold2 peut déterminer la structure 3D d'une protéine en quelques jours de calculs, alors que cela prenait des années aux chercheurs auparavant. Un exploit qui ouvre des perspectives inédites pour soigner des maladies.
Cet article est issu du magazine Sciences et Avenir - La Recherche n°890 daté avril 2021.
C'était l'énigme la plus coriace de la biologie moderne : comment les protéines, ces molécules gigantesques indispensables à nos organismes, se replient-elles ? Comment passent-elles de simples chaînes linéaires d'acides aminés à des formes tridimensionnelles compactes qui se comportent comme des nanomachines biologiques ? Après un demi-siècle de tâtonnements, d'échecs cinglants et de maigres succès, le programme informatique d'intelligence artificielle AlphaFold2 conçu par la firme DeepMind (propriété de Google) coiffe aujourd'hui tout le monde au poteau pour répondre à ces questions. Avant lui, les chercheurs n'étaient capables de prédire que 40 % de la structure tridimensionnelle d'une protéine et il leur fallait des mois voire des années de travail pour aboutir à ce résultat. AlphaFold2 affiche des résultats supérieurs à 90 %, et ce en à peine quelques jours.
La communauté scientifique "a été abasourdie"
C'est un volet totalement inédit de la biologie qui s'entrouvre aujourd'hui : pouvoir connaître la structure de toutes les protéines, en concevoir de nouvelles, dont des antibiotiques ou des médicaments à façon, mieux comprendre et soigner certaines maladies consécutives à de mauvais repliements protéiques comme Alzheimer ou le diabète de type II. "Pendant plusieurs décennies, le domaine a très peu bougé, explique Élodie Laine, du Laboratoire de biologie computationnelle et quantitative de Sorbonne Université-CNRS (Paris). En l'espace d'un demi-siècle, sur les 200 millions de protéines répertoriées, la structure de moins de 60.000 a été élucidée ! Et, soudain, en l'espace de deux ans, AlphaFold a totalement bouleversé le domaine. La communauté scientifique qui travaille sur les structures de protéines a été abasourdie par ces succès. Et, pour le moment, elle ne sait pas comment réagir."
Un origami doué d'auto-organisation
La question du repliement des protéines est essentie[...]
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