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C'est le plus long génome jamais mesuré

Julie Kern, Rédactrice scientifique
·2 min de lecture

Durant le Dévonien, qui s'étend entre -419 et -358 millions d'années, les sarcoptérygiens sortent de l'eau pour conquérir la terre ferme. Ce clade phylogénétique est composé de deux lignées : celle des cœlacanthes, dont les ancêtres sont retournés à l'eau après en être sortis, et celle dont les descendants sont les tétrapodes et les dipneustes. Les tétrapodes regroupent aujourd'hui les reptiles, les mammifères, les amphibiens et les oiseaux. Ces derniers ont tous pour cousins lointains les dipneustes, des poissons osseux un peu étranges puisqu'ils possèdent un poumon fonctionnel en complément de leurs branchies. Ils peuvent donc remonter à la surface pour respirer à l'air libre. À cause de leur place unique dans l'évolution, les dipneustes font l'objet de recherches scientifiques depuis longtemps.

Il fallait au moins une équipe internationale de 19 scientifiques pour étudier en détail le génome du dipneuste australien (Neoceratodus forsteri). Ce dernier possède le génome animal le plus long jamais séquencé ! Il comprend 43 millions de paires de bases, soit 14 fois plus que le génome de l'être humain. Les détails de ce séquençage hors norme ont été publiés dans Nature.

Le dipneuste, plutôt tétrapode ou poisson ?

Pour venir à bout des 43 millions de paires de bases du génome du dipneuste, les ordinateurs ont dû tourner à plein régime pendant 100.000 heures. À la fin, les scientifiques n'ont pas pu assembler l'intégralité du génome mais une majeure partie qui représente 37 millions de paires de bases. Cet assemblage a permis de répondre à une vieille question : les dipneustes sont-ils plus proches des cœlacanthes ou des tétrapodes ? Pour cela, ils ont étudié la structure de régions génétiques non codantes répétées appelées « longs éléments intercalaires répétés » (ou Line en anglais) qui composent 90 % du génome du dipneuste australien. En effet, la nature de ces motifs génétiques est propre à chaque espèce.

La structure des longs éléments intercalaires répétés du...

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