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Cas "suspects" du variant Omicron: la France à la traîne sur le séquençage?

·5 min de lecture
Alors que plusieurs pays européens ont confirmé la présence du variant Omicron sur leur territoire depuis le premier séquençage de l'Afrique du Sud, la France évoque depuis 3 jours des cas
Alors que plusieurs pays européens ont confirmé la présence du variant Omicron sur leur territoire depuis le premier séquençage de l'Afrique du Sud, la France évoque depuis 3 jours des cas

CORONAVIRUS - “8 cas possibles” repérés le 28 novembre, cinq de plus trois jours plus tard. Gabriel Attal a expliqué, ce mercredi 1er décembre à la sortie du Conseil des ministres, qu’il n’y avait “pas de panique, mais une vigilance maximale” à avoir face au nouveau variant Omicron.

Pour tenter de limiter sa propagation, le porte-parole du gouvernement a annoncé un nouveau durcissement des conditions d’accès au territoire. Mais “ne soyons donc ni dupes ni naïfs, il y aura très probablement des cas sur notre territoire dans les prochaines heures ou les prochains jours”, a-t-il ajouté.

Chaque minute compte

Ce nouveau variant du coronavirus, dévoilé par l’Afrique du Sud le 24 novembre, et déjà présent et séquencé dans une dizaine de pays d’Europe ou encore aux États-Unis, inquiète les autorités sanitaires mondiales du fait de sa propagation rapide dans la région de Johannesbourg, mais aussi parce qu’il dispose d’une trentaine de mutations sur la “protéine spike”. Celle-ci permet au virus de pénétrer nos cellules et est également ciblée par les vaccins pour entraîner notre système immunitaire.

S’il faudra plusieurs semaines pour consolider les premières études et confirmer sa dangerosité et sa résistance face aux vaccins et à l’immunité de premières contaminations, le dépistage reste la première arme face à cette nouvelle souche. La seconde est le séquençage des tests PCR positifs et chaque minute compte.

Objectifs? Suivre le taux de contamination et la prévalence d’un variant sur un autre mais aussi et surtout permettre d’isoler les personnes contaminées pour éviter la propagation du virus sous toutes ses formes dans notre pays. En clair, avoir une vision globale de l’ennemi, de sa circulation à sa localisation.

“On a toujours un mois de retard”

Problème: la France séquence moins que bon nombre d’autres pays européens, venant de fait questionner la “vigilance maximale” mise en avant par le gouvernement. Un trou dans la raquette du suivi épidémique pointé du doigt par de nombreux épidémiologistes et médecins.

“La France a toujours mal fait dans le dépistage des nouveaux variants. On a toujours un mois de retard”, a ainsi fustigé mardi sur BFM, Philippe Froguel, généticien et professeur au CHU de Lille et à l’impérial College de Londres. “Dans la plupart des autres pays, on fait travailler ensemble les centres de génétiques humaines, les centres hospitaliers... En France, on n’a jamais réussi à se mettre d’accord”, a-t-il ajouté, allant jusqu’à parler de “talon d’Achille” et de chaînon manquant dans la stratégie du “tester-tracer-isoler” appliquée par le gouvernement.

Certains élus commencent également à alerter: “On ne trouve que ce que l’on cherche, et si on ne l’a pas cherché jusqu’à présent, il est normal qu’on ne l’ait pas trouvé”, a ironisé, mardi sur Public Sénat, le sénateur socialiste Bernard Jomier, président de la mission d’information sur les mesures anti-Covid et médecin généraliste de formation. Le Royaume-Uni, champion avec le Danemark du séquençage avec dix fois plus de séquences collectées que la France, couvre actuellement environ 20% de ses cas positifs.

“La surveillance des nouvelles variantes est une étape clé pour mettre fin à la pandémie. Mais nous ne pouvons le faire que si suffisamment de cas sont séquencés et signalés rapidement. Et l’effort de séquençage varie énormément d’un pays à l’autre.”

Changer d’échelle?

Des critiques de sous-dimnensionnement nuancées par Vincent Enouf, responsable adjoint du centre des virus des infections respiratoires à l’Institut Pasteur, chargé avec d’autres centres en France de séquencer les tests PCR positifs réalisés dans le pays: “Avec entre 8000 et 10.000 échantillons séquencés chaque semaine, on est suffisamment sensible pour déterminer la présence de nouveaux variants ou de surveiller un variant que l’on connaît déjà”, explique-t-il à BFM.

“Pour avoir une véritable idée de ce qui se passe sur le territoire, il faut en séquencer un minimum de 7.500 tests positifs”, confirme de son côté François Blanchecotte, le président national du syndicat des biologistes.

Un chiffre atteint la semaine dernière, selon les données officielles, mais un chiffre qui ne représente qu’environ 5% des cas recensés sur la période. Un seuil qui était l’objectif fixé en mai dernier par le projet “Emergen” chargé de suivre l’évolution génétique du Sars-CoV-2 sur notre territoire mais qui peut être questionné par l’arrivée de ce nouveau variant jugé “préoccupant”. “C’est très insuffisant, c’est ce qu’il faudrait faire chaque jour pour parvenir à un véritable suivi”, répond Philippe Froguel.

Activité réelle de séquençage du SARS-CoV-2 basée sur le nombre de prélèvements reçus, Consortium EMERGEN, France (Photo: Direction générale de la santé publique)
Activité réelle de séquençage du SARS-CoV-2 basée sur le nombre de prélèvements reçus, Consortium EMERGEN, France (Photo: Direction générale de la santé publique)

“Les autorités sanitaires sont mobilisées pour identifier le plus précocement possible chaque patient contaminé”, a lui fait valoir Olivier Véran dès dimanche, mettant en avant une montée en puissance des criblages et des séquençages ces dernières semaines. Pour rappel, en France, la stratégie de dépistage des variants compte actuellement deux outils: les tests PCR de criblage, qui déterminent si un test positif comporte des mutations associées à tel ou tel variant. Et des enquêtes de séquençage, qui analysent l’intégralité du génome du virus, pour repérer de nouvelles mutations.

Des résultats trop lents?

Mais les critiques sont aujourd’hui plus centrées sur la rapidité de ces résultats. Trois jours après les premiers criblages suspects, aucune confirmation ou non-contamination n’ont été précisées par le gouvernement, à l’heure ou nous écrivons ces lignes mercredi en fin d’après-midi, contrairement à de nombreux autres pays européens ou dans le monde.

Le généticien et professeur au CHU de Lille et à l’impérial College de Londres, Philippe Froguel, déplore ainsi “des délais trop longs” et des lenteurs administratives, alors que la bataille contre la pandémie tient aussi de la course contre la montre. “Les freins politico-corporatistes empoisonnent cette question”, ajoute-t-il auprès de Public Sénat, appelant le gouvernement à mettre plus de personnel et d’argent sur ce suivi.

Plusieurs sources jointes ces derniers jours par Le HuffPost, pointaient également du doigt un manque de coopération au sein des différents laboratoires qui constituent Emergen pour expliquer ces lenteurs.

À voir également sur Le HuffPost: Les mutations des virus expliquées en 2 minutes

Cet article a été initialement publié sur Le HuffPost et a été actualisé.

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